Flensborgs historie fra 1460 til 1864 kan opsummeres som følger:

I 1460 blev Flensborg en del af hertugdømmet Slesvig under den danske Kong Christian I. Byen blomstrede som et vigtigt handelscentrum og blev medlem af Hanseforbundet, der styrkede dens økonomi og politiske indflydelse.

I 1523 blev Martin Luther’s reformationsbevægelse omfavnet i Flensborg, hvilket førte til en omfattende religiøs omvæltning i byen. Som følge heraf blev katolske institutioner og klostre afviklet, og protestantismen blev indført som den dominerende tro.

I 1661 blev Flensborg en del af den danske enevælde under Kong Frederik III. Under den dansk-norske monarki fortsatte byen med sin handelsaktivitet og blev forsynet med forsvarsanlæg for at beskytte den mod forskellige trusler.

I 1806 blev Flensborg dog besat af franske tropper under Napoleonskrigene. Besættelsen blev fulgt af en økonomisk nedgang, da Flensborg mistede sin status som handelscentrum og blev sat under politisk kontrol af Frankrig.

I 1815 blev Flensborg igen en del af Danmark efter nederlaget for Napoleon. Byen oplevede en genopblomstring af handel og industri, og dens befolkning voksede betydeligt. Industrialiseringen satte gang i byens økonomi og førte til etableringen af ​​fabrikker og værfter.

I 1848 brød Treårskrigen ud mellem danskere og tyske oprørere, der ønskede at indlemme Slesvig i Preussen. Flensborg var en vigtig by i konflikten og blev belejret i flere måneder. Efter krigen blev Slesvig-Holsten en del af den danske Rigsdag.

I 1864 blev Flensborg imidlertid besat af preussiske og østrigske styrker under den Anden Slesvigske Krig, og Sønderjylland blev efterfølgende afstået til Preussen. Byens status blev ændret drastisk, da den nu blev en grænseby mellem Preussen og Danmark.

Denne periode markerer et afgørende skift i Flensborgs historie, hvor byen gik fra at være en dansk domineret by til at være en del af det tyske imperium.

Efter 1864 udviklede Flensborg sig som en del af det tyske imperium. Byen oplevede en hastig vækst og industrialisering i løbet af det 19. og 20. århundrede. Flere industrier blev etableret, herunder skibsbyggeri, metalforarbejdning og fødevareproduktion, hvilket bidrog til byens økonomiske fremgang.

Trods den tyske dominans har Flensburg stadig spor af sin danske fortid. Den danske kultur og historie spiller stadig en vigtig rolle i byen. Der er stadig danske mindretalsskoler, hvor danskundervisning tilbydes. Derudover afholdes der danske kulturelle arrangementer og festivaler i byen.

Dansk er stadig anerkendt som et officielt sprog i Flensborg, og mange gadenavne og steder har stadig deres oprindelige danske navne. Den dansk-tyske grænse har også haft indvirkning på byen, da der stadig er en stor dansk befolkning i området omkring Flensborg. Grænsen har åbnet for en udveksling mellem dansk og tysk kultur og en fortsat tilstedeværelse af dansk sprog og traditioner.

I dag er Flensborg en multikulturel by med en blanding af tysk og dansk indflydelse. Byen er kendt for sit kulturliv, kulinariske oplevelser og handel. Den danske fortid har efterladt et varigt præg på byen og dens indbyggere, og det giver stadig en unik karakter og atmosfære i Flensborg.